经历了2012赛季的低谷后，纳达尔在2013年上演了“王者归来”的大片。12赛季，西班牙人在红土赛季拿下法网、罗马、蒙特卡洛和巴塞罗那四站冠军后，在温网爆冷不敌世界排名第一百位的罗索尔，止步次轮。 随后，拉法的膝盖又爆发出新伤，除了原本的左膝髌骨肌腱炎，髌骨后方脂肪垫也得到了霍华式病变（Hoffa disease），这让西班牙人不得不退出2012年伦敦奥运以及包括美网在内的整个北美硬地赛季。九月， 纳达尔听从医生建议在家乡静养膝伤，选择无限期停赛，退出本赛季剩下的所有赛事，提前结束2012赛季。
2013赛季，因为病毒性胃炎，西班牙人又缺席了包括澳网在内的整个一月比赛。二月初，纳达尔选择在比尼亚德尔马站复出，尽管决赛不敌泽巴洛斯，无缘复出首冠。但接下来，经过一站热身的西班牙人满血复活，连续打进八站赛事决赛，并拿下包括法网在内的七站冠军，上演了“王者归来”的神话。巴西圣保罗站和墨西哥阿卡普尔科站，纳达尔先后击败纳尔班迪安和费雷尔等名将，带着背靠背夺冠的战绩来到北美春季硬地赛。在沙漠小镇印第安维尔斯，拉法在1/4决赛和半决赛连续直落两盘击败费德勒和伯蒂奇，与阿根廷名将德尔波特罗会师决赛，面对赛会7号种子，纳达尔4-6，6-3，6-4完成逆转，拿下复出首项大师赛冠军，赢得个人生涯第22座大师赛冠军，在当时超越费德勒而位居历史第一！不过在复出获得三冠一亚后，西班牙天王退出随后的迈阿密公开赛，选择休息，以全力备战接下来的欧洲红土赛季。
在自己的后花园蒙特卡洛大师赛，纳达尔开启了欧洲红土赛季。连续击败迪米特洛夫、特松加等名将后，与两外一位天王德约科维奇会师决赛。然而，蒙卡大师赛决赛，纳达尔连丢两盘不敌塞尔维亚名将，无缘冠军。虽然无缘自己的第九个蒙特卡洛大师赛冠军，但接下来纳达尔的表现再次证明自己是当之无愧的红土之王。在家乡巴塞罗那连胜五场夺冠后，纳达尔又在马德里和罗马连续击败费雷尔、瓦林卡、弗格尼尼、伯蒂奇和费德勒，背靠背夺得两站红土大师赛冠军。带着一波15连胜的西班牙人来到罗兰加洛斯，再次击败弗格尼尼、瓦林卡后闯入半决赛，与此前在红土上击败过自己的赛会头号种子德约科维奇隔网相对。 两位选手都渴望能够本届法网创造历史，德约渴望斩获职业生涯的首个法网冠军，成为网球历史上第8位完成全满贯壮举的球员。而纳达尔则可望在巴黎第八次夺冠。经过4小时37分钟的五盘大战后，纳达尔顶住对手反扑， 6-4 3-6 6-1 6-7（3） 9-7险胜德约科维奇，完成复仇的同时，闯入决赛。决赛中，面对同胞费雷尔，纳达尔直落三盘轻松获胜，夺得自己第八个火枪手杯。
整个草地赛季，纳达尔仅仅只参加了温网一站比赛，首轮连丢三盘不敌达尔西斯，草地赛季未尝一胜。来到北美秋季赛，经过短暂调整后的西班牙人又再次展现出绝佳的竞技状态，在蒙特利尔与辛辛那提有完成背靠背夺冠，带着两个大师赛冠军的美网系列赛成绩登陆法拉盛。美网，拉法连续击败包括多罗布雷多和加斯奎特在内的多位好手，再次在决赛中与德约科维奇隔网而站。经过四盘争夺后，纳达尔本赛季第三次击败德约科维奇，夺得自己第二座美网冠军奖杯。亚洲赛季与巴黎大师赛，纳达尔先后被老对手完成复仇，在北京举行的中国网球公开赛，纳达尔在决赛中连丢两盘不敌德约科维奇，屈居亚军。上海劳力士大师赛，纳达尔不敌德尔波特罗止步四强。来到巴黎，纳达尔又被同胞费雷尔阻击，无缘决赛。赛季最后一站比赛，ATP年终总决赛，纳达尔先后击败费雷尔、瓦林卡、伯蒂奇以小组三胜排名第一晋级半决赛。半决赛面对瑞士球王费德勒，纳达尔7-5，6-2轻松获胜，将与德约科维奇争夺最后的冠军。决赛中，面对状态出色的塞尔维亚人，纳达尔在此连丢两盘败下阵来，与总觉赛冠军擦肩而过的同时，就此结束自己辉煌的2013赛季。
2013赛季，纳达尔一共14次闯入决赛，拿下其中10站赛事冠军，其中：
大满贯：法网、美网
大师赛：印第安维尔斯、马德里、罗马、蒙特利尔、辛辛那提
ATP500：阿卡普尔科、巴塞罗那
ATP250：圣保罗、
年终世界排名：第一
（全网球）
