2004年欧锦赛决赛阶段抽签仪式于30日葡萄牙当地时间12时(北京时间30日18点)举行，参加决赛阶段比赛的欧洲十六强将通过抽签分成4个小组，各组经过角逐后获得前两名的球队进入八强赛。
| A组 |
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| 葡萄牙 | 希腊 | 西班牙 | 俄罗斯 | |
| B组 |
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| 法国 | 英格兰 | 瑞士 | 克罗地亚 | |
| C组 |
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| 瑞典 | 保加利亚 | 丹麦 | 意大利 | |
| D组 |
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| 捷克 | 拉脱维亚 | 德国 | 荷兰 |
欧洲杯附加赛结束后，欧足联公布了本次决赛阶段的抽签的种子顺序。英格兰、意大利、德国和西班牙这4支代表欧洲四大联赛的国家队被集体归入第二档，4支最有市场潜力的球队将不会在第一轮遭遇。不过，无论最终结果如何，作为种子的法国队必将与其中的一支同组，这几乎肯定是一个死亡之组。
本次分档原则相对其他各洲的做法，更加清晰，规范而精确，其原则完全按照欧足联事先确立的原则进行即：按照2002年世界杯预选赛和本届欧洲杯预选赛每场的平均积分来排名。这在某种程度上也反证了欧足联种子分档原则的透明、规范和精确。
| 第一档种子 |
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| 葡萄牙 | 法国 | 捷克 | 瑞典 | |
| 第二档球队 |
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| 意大利 | 西班牙 | 英格兰 | 德国 | |
| 第三档球队 |
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| 荷兰 | 克罗地亚 | 俄罗斯 | 丹麦 | |
| 第四档球队 |
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| 保加利亚 | 瑞士 | 希腊 | 拉脱维亚 |
