目前常见的马房常见的通风系统分为自然通风和机械通风。在冬季，马房通常使用自然通风系统，因为马房内外温差较大，可以利用空气热浮力原理进行通风；而在夏季，则可以利用自然微风和机械排风扇通风。
自然通风系统 在冬季，马房通常使用自然通风系统，利用空气浮力和自然风的影响来降低温度、湿度和废气密度。自然通风系统比机械通风系统安静，也会给马房提供更多的日光，但需要更多的人力来管理维持温度和空气质量的稳定性。
如上图，新鲜空气通过屋檐下的排气管道进入左边的马房，废气从烟囱排出。在寒冷的月份，自然通风系统依靠空气的热浮力性能从马房中移除热量、水分和空气污染物。
马房能否自然通风系统取决于建筑结构。建筑的朝向必须垂直于盛行风。马房周围的障碍物会阻碍新鲜空气进入马房，障碍物离马房的距离最好大于马房高度的10倍。如果不能移除障碍物，就应该使用机械通风。
自然通风系统的另一个难题是水蒸气容易凝结在建筑表面。当温暖潮湿的空气上升，并被疏散出马房时， 空气会接触到较冷的屋顶，水滴便会从屋顶滴落下来，可能会造成建筑的损坏，马工和马也会感觉不适。
自然通风系统必须建立合适的马匹排列密度、屋顶高度上，因为这两点决定着热能浮力的产生。
自然通风开口大小
马房里应用机械通风系统就是说空气交换和平均空气分布的部分是由机械完成的。马房的热阻要达到RSI 3.5（R-20）。由于每个排气扇的工作都能在马房里形成一片小的真空区，所有开口结构（包括周围门窗缝隙）都会成为小股气流的来源。出于这个原因，设计一个适当的进气口十分重要，这样才保证进来的空气在到达马匹和/或排气扇之前尽快加热，提高其持水能力。
冬季里马房应要求每匹马25 CFM（立方英尺每分钟），夏天300 CFM的通风标准。如果马厩里的马数量在15匹以下，那么选择最小功率的商用风扇（大约300 CFM）就可以了，足以进行基础通风，在冬季则可以提供足够的补充的热量来维持一定水平的连续空气交换。高通风频率是必要的，因为在马房里决定空气质量的是空气交换频率，而不是马匹数量。
理想情况下，马房每小时至少换气两次，以保证空气的高质量。然而，许多马房每小时只能换一次气，因为要把换气供热成本降到最低。一般情况下，每匹马40 CFM的冬季通风率意味着每小时换气一次。
因为马房的通风率为冬季最小，夏季最大，因此设计一个合理的通风阶段性安排十分重要。应该使用至少两个排气扇，其中包括一个双速或变速风扇。一个马房最合理的容纳量为15匹马，这样两扇变速风扇每个都能鼓风142L/秒472L/秒（300 - 300 CFM）。可以使用温度传感器来自动控制这些风扇，以达到和保持马房所需的温度。
进气口是一种斜槽式的开口，也就是从外侧壁的顶部开口，通过或天花板以上阁楼区域、管道进空气。如果进气口规划合理，马房是可以安装窗户的。但是安了窗户必须随着温度或风的变化调整通风，保证相邻的隔间通风足够。每472升/秒（1000 CFM）的空气交换需要提供0.2平方米的进气口。
有些马房会使用风道通风系统，来使新鲜空气可以均匀分布于整个马房。
如图，这些管道是用胶合板或塑料板材料建造的，管道上的孔分布均匀，理想情况下，这些管道有一个铰链底部允许定期清除灰尘和污垢。 在冬季，如果马房温度要保持在零度以上，则需要补充热量，同时要确保马房充分密封（进气道除外）。
