柯南的案子分为两个类型，一种是日常篇，另一种则是主线篇。相比日常篇，主线篇的人气更高。主线篇中哪怕去掉案子，也能让观众大呼过瘾。其中有一个系列，第一次看的时候让人心潮澎湃，回看时却觉得充满了BUG，这个系列就是漆黑的神秘列车。
这个系列是波本篇中最高潮的部分，比波本篇的尾声绯色系列更加让人紧张。主要有两个原因，第一点是神秘列车系列争夺的目标是人气极高的灰原哀，而绯色篇则是赤井秀一，赤井秀一的人气虽然也很高，但是比灰原女王还是差了不少。第二点就是列车篇的场面更大。虽然整个故事都发生在列车上，但是主场的人气角色数量太多。而绯色系列虽然格局大、伏笔深，出场的人物却很少。
列车系列的红方人物多达六人，除了管理出场的柯南与灰原哀，还有冲矢昴、世良真纯、工藤有希子以及怪盗基德。而黑方则是4个人，贝尔摩德、安室透、以及在终点站等候的琴酒和伏特加。反观绯色篇，红方人物仅柯南和赤井秀一、工藤夫妇与朱蒂和卡梅尔，黑方也仅剩波本与贝姐，而且贝姐相当酱油。朱蒂与卡迈尔虽然实力不错，但是两个人的人气加在一起都比不上怪盗基德，就更不用提世良真纯了。
神秘列车篇这么多角色出场，本来就能提前大家的兴致，再加上剧情也相当精彩，一环扣一环，不停翻转。当雪莉所在的车厢爆炸时，真的让人为她捏了把汗。但是在看完后面的故事，带着上帝视角重新回看的时候。就发现问题了。这个系列出场了10个主线人物，在列车上的一共有8个人，这八个人中有七个是红方角色，剩下的一个对黑衣组织也不忠心。大家都是卧底，还斗个什么劲啊！
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